Převážnou část rezervace pokrývají lesy, především vápnomilné bučiny, suťové a roklinové lesy. Částečně jsou zde zastoupeny i květnaté dubohabrové lesy.
Květenu stěn skalního masivu tvoří druhy skalních štěrbin a stinných bazických skal, například puchýřník křehký nebo pěchava vápnomilná. Na slunných stanovištích s mělkým půdním profilem se vyskytuje lomikámen trojprstý. Velké množství z druhů vyšších rostlin náleží ke zvláště chráněným, vzácným a ohroženým v regionu i v rámci České Republiky.
Jeskyně jsou významným zimovištěm letounů, zejména kriticky ohroženého vrápence malého. Zimují zde i silně ohrožení netopýr černý, netopýr vodní či ušatý. Na tomto území se vyskytuje bohatá populace měkkýšů, hlavně zdobenky tečkované.
Podzemní systém Javoříčských jeskyní s krásnou krápníkovou výzdobou vytváří komplikovaný komplex chodeb, dómů a propastí. Toto území je zdrojem četných paleontologických nálezů.
Chráněným územím vedou značené turistické trasy a byla zde obnovena i naučná stezka.
NPR Špraněk je v rámci připravované soustavy Natura 2000 součástí návrhu Evropsky významné lokality Špraněk.

Vladimíra Dobešová